Bij de traditionele wijze van vloermouten wordt het graan na het wassen op een warme vloer uitgespreid en wordt er een 'bed' van gevormd. In een morderne mouterij gaat het graan in grote, draaiende trommels. Bij beide systemen zal het graan gaan beginnen te ontkiemen. Bij het vloermouten zal het regelmatig moeten worden omgedraaid of omgeharkt, zodat het kan ademen. Ontkieming en biochemische veranderingen in het graan veroorzaken hitte en die zorgvuldig moet worden gecontroleerd, wil men het graan niet laten verstikken.
Wat er met het graan gebeurt, staat bekend als 'modificatie". Het embryo van de korrel begint te groeien terwijl de worteltjes door de schil breken. De groei van het embryo veroorzaakt een natuurlijke chemische reactie om de in de graankorrel aanwezige eiwit om te zetten in enzymen en zo het zetmeel oplosbaar te maken.
De mouter beproeft de staat van de modificatie op een simpele manier: hij neemt wat korrels in de mond en kauwt erop. Als ze zacht en
kruimelig zijn, is de modificatie op het goede punt gekomen en is de gerst 'groenmout' geworden.
Het groenmout moet worden verhit om te drogen ('eesten') en er de enzymen in te bewaren. In een moderne mouterij gebeurt dit in een trommel die uitwendig wordt verhit. In traditionele mouterijen lijkt de oven op een grote schoorsteen, waar op de stookplaats een kolenvuur brandt die de daarboven op een geperforeerde plaat uitgespreide mout verhit. De temperatuur wordt nauwgezet in de gaten gehouden om precies het karakter en de kleur te krijgen die de brouwer nodig heeft. Het eerste stadium van verhitting, zo rond de 60° C, brengt de ontkieming tot staan. Om witte mout voor laaggegist bier te krijgen, wordt de hitte lichtjes opgevoerd en 24 uur gehandhaafd, terwijl een nog iets hogere temperatuur wordt gebruikt voor de bleke mout die gebruikt wordt hooggegiste bieren zoals de Engelse ales. Donkerder bier, zoals het Engelse 'mild ale' heeft mout nodig die op een nog hogere temperatuur is gedroogd. Het belangrijkste is dat de verhitting moet worden gehandhaafd op een peil waarop de enzymen die in de brouwerij het zetmeel in suiker moeten veranderen, niet worden gedood. Mout die aan zeer hoge temperaturen heeft blootgestaan verliest het vermogen door fermentatie suikers te vormen en wordt dan ook alleen gebruikt voor kleur en smaak.
Donkere moutsoorten - amber, chocolade en zwart - maakt men in machines die niet anders zijn dan die waarin koffie wordt gebrand. De groenmout gaat in de machines waar de temperatuur tussen de 200 en 210° C wordt gehouden, afhankelijk van de gewenste kleur. Geroosterde mout heeft een intens bittere smaak. Ongemoute geroosterde gerst, vooral gebruikt in Ierse stouts, wordt op dezelde manier gemaakt.
Speciale soorten donkere mout worden op andere wijze gemaakt. Carapils en caramalt voor laaggegist en kristalmout voor hooggegist bier worden gemaakt door groenmout in een goedgesloten oven te laden zodat het vocht niet kan ontsnappen. Als de temperatuur wordt opgevoerd tot 45° C, zetten de enzymen het zetmeel om in suiker. De kafjes van de graankorrels bevatten dan zachte balletjes moutsuiker. Als de kleppen van de oven worden geopend en de temperatuur wordt verhoogd, kristalliseert de suiker en verdiept de kleur zich. Niet alle zetmeel is echter omgezet en veel van de geproduceerde suiker is eerder dextrine dan maltose. Omdat dextrine niet vergist kan worden met brouwgist, bepaalt het niet alleen smaak en kleur van het bier, maar geeft dit het ook 'body', een ronde volheid van smaak.
De mouter heeft uit ruwe graankorrels nu een bleek of donker ingrediënt geproduceerd dat rijk is aan oplosbaar zetmeel. Het eerste, maar wezenlijk belangrijke bestanddeel voor het maken van bier is nu klaar om naar de brouwerij te gaan.
Bij de infusiemethode maakt de brouwer gebruik van één beslagkuip waarin het beslag in eerste instantie wordt verwarmd tot zo'n 50° C. Deze temperatuur wordt even aangehouden. Daarna wordt de temperatuur verhoogd tot ongeveer 65° C en ook deze temperatuur wordt een tijdje vastgehouden. Hierna wordt het beslag verder opgewarmd tot 75° C. Bij een temperatuur van 65° C wordt het zetmeel omgezet in vergistbare suikers die later het alcoholpercentage van het bier grotendeels bepalen. Zou deze temperatuur te lang worden aangehouden, dan zou er een dun bier onstaan met een hoog alcoholpercentage. Bij 75° C wordt het dan resterende deel van het zetmeel omgezet in niet-vergistbare suikers. Deze bepalen uiteindelijk de volheid en zoetheid van het bier. Deze omzetting van zetmeel in suikers gebeurt door verschillende enzymen en de verandering van temperatuur is noodzakelijk omdat het ene enzym zijn werk alleen maar doet bij 65° C en het andere op 75° C. De tijdsduur waarin een brouwer zijn beslag op een bepaalde temperatuur houdt, bepaald dus mede het uiteindelijke resultaat. Veel brouwers willen het fijne van de door hen gehanteerde temperaturen en tijden niet kwijt.
Hetzelfde resultaat, maar via een iets andere methode, wordt bereikt met het decotiesysteem. Hierbij heeft de brouwer niet één maar twee of drie beslagkuipen. Het beslag wordt eveneens verwarmd tot 50° C, maar in plaats van alles in één kuip te verwarmen, wordt eenderde van het beslag overgeheveld naar een andere kuip, waar dat gedeelte aan de kook wordt gebracht. Het kokende beslag wordt weer teruggeheveld naar het resterende beslag en zo ontstaat de verhoogde temperatuur van ongeveer 65° C. Deze handeling wordt nogmaals uitgevoerd om op 75° C uit te komen.
Een zeker zo belangrijk aspect van het koken is het doden van de nog aanwezige enzymen en bacteriën. Het brouwsel wordt hiermee gesteriliseerd.
Het toevoegen van de hop gebeurt in verschillende fasen van het kookproces. Hop die wordt toegepast om zijn aromatische eigenschappen zal vaak
pas enkele minuten voor het einde van het kookproces worden toegevoegd om niet teveel van dit aroma kwijt te raken. Hop die gebruikt wordt voor
de bitterheid wordt aan het begin van het kookproces toegevoegd. De duur van het koken is variabel, maar de meeste brouwsels koken zo'n anderhalf
uur.
Bij hoge gisting wordt de wort afgekoeld tot ongeveer 15° C en beland uiteindelijk in de gistingskuip, die open of dicht kan zijn. De brouwer start de vergisting door de gist toe te voegen en dat gebeurt vaak simpelweg door emmers vol ervan in de wort te gooien. De gist blijft drijven op de wort en zet de aanwezige suikers om in alcohol en koolzuur. De temperaturen hierbij variëren van 15 tot 25° C en de tijd die de eerste vergisting in beslag neemt varieert van 3 tot 7 dagen. De bovendrijvende gist wordt van het bier (men spreekt nu inmiddels van bier) afgeschept en er wordt gekeken of het geschikt is om de volgende lading wort te vergisten.
Lage gisting werkt niet wezenlijk anders dan hoge gisting, maar heeft een lagere temperatuur nodig, 5 tot 10° C, om zijn werk te kunnen doen. De vergisting gaat ook langzamer, het duurt zo'n twee weken, maar naar het schijnt ook grondiger. Bij deze vergisting zakt de gist uiteindelijk naar de bodem. Een van de voordelen van lage gisting is dat deze minder geïnfecteerd kan raken en dat de vergisting beter te voorspellen is. Grote brouwerijen zijn niet zo tuk op verrassingen en de grote bulk bier die wij vandaag de dag voorgeschoteld krijgen, is dan ook van lage gisting, met uitzondering van de Engelse stijlen.